Al-Qaeda, originariamente, era il campo, nei dintorni di Jalalabad in Afghanistan, nel quale venivano addestrati i volontari islamici nella guerra contro i sovietici. Dal 1988 ha incominciato ad indicare il “database” in cui erano inseriti gli jihadisti volontari per la guerra in Afghanistan e solo alla fine degli anni novanta si è “globalizzata” rappresentando la rete di collegamento tra numerose organizzazioni terroristiche, ispiratesi  al salafismo jihadista.
Scarse sono le notizie riguardanti la struttura di questa organizzazione guidata da Osama bin Laden. Secondo alcuni studiosi le azioni di Al-Qaeda devono essere approvate da un consiglio consultivo religioso (majlis al-shura) che controllerebbe quattro comitati: il comitato militare che si occupa del reclutamento e dell’addestramento, il comitato finanziario (che si occupa del reperimento delle risorse materiali e finanziarie), il comitato giuridico e religioso ed il comitato di informazione.
Secondo le più recenti investigazioni gli affiliati ad Al Qaeda, o a gruppi ad essa collegati, sarebbero distribuiti in una cinquantina di paesi del mondo. Nei ranghi di al Qaeda si affiancano tre generazioni. Oltre ai padri fondatori, veterani dela guerra in Afghanistan (come bin Laden e il suo braccio destro Ayman Al Zawahri), una seconda generazione di musulmani ha raggiunto il movimento tra il 1992 e il 1993 (tra essi, l'autore materiale del primo attentato al World Trade Center, Ramzi Yousef). Si tratta di sradicati per necessità, figli di genitori di origine diversa, condizione che li trasforma in veri e propri sans-papiers in Medioriente. Non sono palestinesi, ma spesso originari del Pakistan, delle Filippine o dei paesi dell'Africa orientale, che hanno assunto posizioni sempre più estremiste durante la loro permanenza in Occidente. Secondo un fenomeno classico, l'ingresso nella setta avviene al prezzo di una rottura individuale con la loro famiglia, il loro paese d'accoglienza e il loro paese d'origine e fornisce loro una nuova identità. «Non sono né francese, né algerino, sono musulmano», dichiarava Khaled Kelkal.
Per alcuni si tratta di un viaggio senza ritorno perché, nel loro paese, li aspettano il carcere o la morte. L'Afghanistan era diventato il rifugio di tutti coloro che dovevano o volevano fuggire, e quella del martire è la strada maestra per uscire da questa impasse. Tutti questi esiliati, pronti al sacrificio, sono passati per le mani di bin Laden, a cui i taliban hanno affidato il reclutamento dei non afghani. Questa generazione, che ha vissuto il fallimento dei partiti islamisti nei diversi paesi, aderisce alla lotta contro il nuovo nemico multiforme: «l'Occidente».